Cursuri de pregatire Introducere în Genomica Microbială și Metagenomica

Introducere în Genomica Microbială

• Prezentare generală a genomicii microbiene și metagenomicii
• Tehnologii de secvențiere și designuri tipice de studii
• Formate cheie de fișiere și organizarea datelor

Controlul Calității și Preprocesarea

• Evaluarea calității citirilor și tăierea lor
• Eliminarea gazdei și screeningul de contaminare
• Normalizarea citirilor și considerații pentru procesarea ulterioară

Abordări de Profilare Taxonomică

• Profilarea bazată pe markeri cu MetaPhlAn
• Metode de clasificare bazate pe k-meri cu Kraken2 și Bracken
• Compararea rezultatelor de profilare și vizualizare

Asamblarea și Binningul Metagenomului (prezentare generală)

• Strategii de asamblare și utilizarea SPAdes
• Concepte de binning al contigurilor și instrumente comune (pe scurt)
• Evaluarea calității și completitudinii asamblării

Anotarea Genomelor și MLST

• Anotarea genomelor cu Prokka
• Efectuarea MLST și interpretarea tipurilor de secvențe
• Generarea de rapoarte pentru partajarea rezultatelor

Detectarea SNP-urilor și Filogenetica

• Fluxuri de lucru pentru detectarea SNP-urilor bazate pe mapare cu Snippy
• Construirea de arbori filogenetici cu IQ-TREE
• Vizualizarea și interpretarea arborilor cu iTOL

Rezistența la Antimicrobiene și Profilarea Funcțională

• Detectarea genelor de rezistență la antimicrobiene cu AMRFinderPlus, CARD și ResFinder
• Profilarea funcțională și sumarizarea căilor metabolice
• Raportarea rezistenței și anotărilor funcționale

Fluxuri de Lucru Reproducibile și Bune Practici

• Utilizarea Conda, Docker și a șabloanelor de pipeline pentru reproducibilitate
• Gestionarea datelor, standarde de metadate și principiile FAIR
• Scalarea analizelor cu resurse de cloud și notebook-uri

Studii de Caz și Sesiuni Practice

• Analiza ampliconilor 16S/18S de la citiri brute la tabela taxonomică
• Profilarea metagenomică și analiza comparativă între probe
• Asamblarea genomelor, anotarea, filogenia SNP-urilor și raportarea rezistenței la antimicrobiene

Rezumat și Pași Următori