Mulțumim pentru trimiterea solicitării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Mulțumim pentru trimiterea rezervării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Schița de curs
Introducere în Genomica Microbială
- Prezentare generală a genomicii microbiene și metagenomicii
- Tehnologii de secvențiere și designuri de studii tipice
- Formate cheie de fișiere și organizarea datelor
Controlul Calității și Preprocesarea
- Evaluarea calității citirilor și tăierea
- Eliminarea gazdei și screeningul de contaminare
- Normalizarea citirilor și considerații ulterioare
Abordări de Profilare Taxonomică
- Profilare bazată pe markeri cu MetaPhlAn
- Metode de clasificare bazate pe k-meri cu Kraken2 și Bracken
- Compararea rezultatelor de profilare și vizualizare
Asamblarea și Binarea Metagenomului (prezentare generală)
- Strategii de asamblare și utilizarea SPAdes
- Concepte de binare a contigurilor și unelte comune (scurt)
- Evaluarea calității și completitudinii asamblării
Anotarea Genomului și MLST
- Anotarea genomelor cu Prokka
- Efectuarea MLST și interpretarea tipurilor de secvențe
- Generarea de rapoarte pentru partajarea rezultatelor
Detectarea SNP-urilor și Filogenetica
- Fluxuri de lucru pentru detectarea SNP-urilor bazate pe mapare cu Snippy
- Construirea arborilor filogenetici cu IQ-TREE
- Vizualizarea și interpretarea arborilor cu iTOL
Rezistența la Antibiotice și Profilarea Funcțională
- Detectarea genelor de rezistență la antibiotice cu AMRFinderPlus, CARD și ResFinder
- Profilarea funcțională și rezumatul căilor metabolice
- Raportarea rezistenței și anotărilor funcționale
Fluxuri de Lucru Reproducibile și Bune Practici
- Utilizarea Conda, Docker și a șabloanelor de flux de lucru pentru reproducibilitate
- Managementul datelor, standarde de metadate și principiile FAIR
- Scalarea analizelor cu resurse cloud și notebook-uri
Studii de Caz și Sesiuni Practice
- Analiza ampliconilor 16S/18S de la citiri brute la tabelă taxonomică
- Profilarea metagenomică și analiza comparativă între eșantioane
- Asamblarea genomului, anotarea, filogenia SNP-urilor și raportarea rezistenței la antibiotice
Rezumat și Pași Următori
Cerințe
- Familiaritate cu concepte biologice de bază, cum ar fi ADN-ul și genele
- Comfort în utilizarea unei interfețe de linie de comandă este recomandat
- Înțelegere de bază a conceptelor de secvențiere și a formatelor de fișiere (FASTQ, FASTA)
Publicul țintă
- Microbiologi
- Cercetători academici
- Personal de cercetare și oameni de știință din industrie interesați de genomica microbială
21 Ore
