Mulțumim pentru trimiterea solicitării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Mulțumim pentru trimiterea rezervării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Schița de curs
I. Introducere și preliminarii
1. Prezentare generală
- R mai prietenos, R și interfețele grafice disponibile
- Rstudio
- Software și documentație conexe
- R și statisticile
- Utilizarea interactivă a R
- O sesiune introductivă
- Obținerea de ajutor cu funcții și caracteristici
- Comenzile R, sensibilitatea la majuscule, etc.
- Reamintirea și corectarea comenzilor anterioare
- Executarea comenzilor dintr-un fișier sau redirecționarea rezultatelor către un fișier
- Permanența datelor și eliminarea obiectelor
- Good practică de programare: scripturi autoconținute, bună lizibilitate, de exemplu scripturi structurate, documentație, markdown
- instalarea pachetelor; CRAN și Bioconductor
2. Citirea datelor
- Fișiere Txt (read.delim)
- Fișiere CSV
3. Manipulări simple; numere și vectori + matrici
- Vectori și atribuire
- Aritmetica vectorială
- Generarea secvențelor regulate
- Vectori logici
- Valori lipsă
- Vectori de caractere
- Vectori index; selectarea și modificarea subansamblurilor unui set de date
- Array-uri
- Indexarea matricei. Subsecțiuni ale unui array
- Matrici de indexare
- Funcția array() + operații simple asupra array-urilor, de exemplu înmulțire, transpunere
- Alte tipuri de obiecte
4. Liste și cadre de date
- Liste
- Construirea și modificarea listelor
- Concatenarea listelor
- Cadre de date
- Crearea cadrelor de date
- Lucrul cu cadre de date
- Atașarea de liste arbitrare
- Gestionarea căii de căutare
5. Manipularea datelor
- Selectarea, subgrupul de observații și variabile
- Filtrare, grupare
- Recodare, transformări
- Agregarea, combinarea seturilor de date
- Formarea matricelor partiționate, cbind() și rbind()
- Funcția de concatenare, (), cu matrici
- Manipularea caracterelor, pachetul stringr
- scurtă introducere în grep și regexpr
6. Mai multe despre citirea datelor
- Fișiere XLS, XLSX
- pachetele readr și readxl
- Date SPSS, SAS, Stata,... și alte formate
- Exportul datelor în format txt, csv și alte formate
6. Gruparea, buclele și execuția condiționată
- Expresii grupate
- Instrucțiuni de control
- Execuție condiționată: instrucțiuni if
- Execuție repetitivă: bucle for, repeat și while
- Introducere în apply, lapply, sapply, tapply
7. Funcții
- Crearea funcțiilor
- Argumente opționale și valori implicite
- Numărul variabil de argumente
- Domeniul de aplicare și consecințele acestuia
8. Grafice simple în R
- Crearea unui grafic
- Diagrame de densitate
- Diagrame cu puncte
- Diagrame cu bare
- Diagrame de linii
- Diagrame plăcintă
- Diagrame boxplot
- Diagrame Scatter
- Combinarea diagramelor
II. Analiza statistică în R
1. Distribuții de probabilitate
- R ca set de tabele statistice
- Examinarea distribuției unui set de date
2. Testarea ipotezelor
- Teste privind media unei populații
- Testul raportului de verosimilitate
- Teste cu unul și două eșantioane
- Testul Goodness-of-Fit Chi-Square
- Statistica Kolmogorov-Smirnov pentru o singură probă
- Testul Wilcoxon Signed-Rank
- Test cu două eșantioane
- Testul Wilcoxon Rank Sum
- Testul Mann-Whitney
- Testul Kolmogorov-Smirnov
3. Testarea multiplă a ipotezelor
- Eroarea de tip I și FDR
- Curbe ROC și AUC
- Proceduri de testare multiplă (BH, Bonferroni etc.)
4. Modele de regresie liniară
- Funcții generice pentru extragerea informațiilor despre model
- Actualizarea modelelor ajustate
- Modele liniare generalizate
- Familii
- Funcția glm()
- Clasificare
- Regresia logistică
- Analiza discriminantă liniară
- Învățare nesupravegheată
- Analiza componentelor principale
- Metode de clusterizare (k-means, clusterizare ierarhică, k-medoids)
5. Analiza supraviețuirii (pachetul survival)
- Obiecte de supraviețuire în r
- Estimarea Kaplan-Meier, testul log-rank, regresia parametrică
- Benzile de încredere
- Analiza datelor cenzurate (cenzurate prin intervale)
- Modele Cox PH, covariate constante
- Modele Cox PH, covariate dependente de timp
- Simulare: Compararea modelelor (compararea modelelor de regresie)
6. Analiza varianței
- ANOVA într-o singură direcție
- Clasificarea ANOVA pe două căi
- MANOVA
III. Probleme de lucru în bioinformatică
- Scurtă introducere în pachetul limma
- Flux de lucru pentru analiza datelor microarray
- Descărcarea datelor din GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Prelucrarea datelor (QC, normalizare, expresie diferențială)
- Grafic vulcanic
- Exemple Custering + heatmaps
28 ore
Mărturii (5)
a fost informativ și util
Brenton - Lotterywest
Curs - Building Web Applications in R with Shiny
Tradus de catre o masina
Multe exemple și exerciții legate de tema instruirii.
Tomasz - Ministerstwo Zdrowia
Curs - Advanced R Programming
Tradus de catre o masina
Ziua 1 și ziua 2 au fost foarte directe pentru mine și am atras cu adevărat plăcerea din această experiență.
Mareca Sithole - Africa Health Research Institute
Curs - R Fundamentals
Tradus de catre o masina
Ritmul a fost exact potrivit, iar atmosfera relaxantă a făcut ca candidații să se simtă la larg să pună întrebări.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Curs - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Tradus de catre o masina
problema a fost prezentată bine și într-o manieră ordonată.
Marylin Houle - Ivanhoe Cambridge
Curs - Introduction to R with Time Series Analysis
Tradus de catre o masina
