Mulțumim pentru trimiterea solicitării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Mulțumim pentru trimiterea rezervării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Schița de curs
I. Introducere și preliminarii
1. Prezentare generală
- Facilitarea utilizării R, R și interfețele grafice disponibile
- Rstudio
- Software și documentație asociate
- R și statistică
- Utilizarea interactivă a R
- Sesiune introductivă
- Obținerea de ajutor pentru funcții și caracteristici
- Comenzi R, sensibilitatea la majuscule etc.
- Reamintirea și corectarea comenzilor anterioare
- Executarea comenzilor din sau redirecționarea ieșirii către un fișier
- Permanența datelor și eliminarea obiectelor
- Bune practici de programare: Scripturi autonome, lizibilitate bună, de ex. scripturi structurate, documentare, markdown
- Instalarea pachetelor; CRAN și Bioconductor
2. Citirea datelor
- Fișiere Txt (read.delim)
- Fișiere CSV
3. Manipulări simple; numere și vectori + tablouri
- Vectori și atribuire
- Aritmetica vectorilor
- Generarea de secvențe regulate
- Vectori logici
- Valori lipsă
- Vectori de caractere
- Vectori de index; selectarea și modificarea subseturilor unui set de date
- Tablouri
- Indexarea tablourilor. Subsecțiuni ale unui tablou
- Matrici de index
- Funcția array() + operații simple pe tablouri, de ex. înmulțire, transpunere
- Alte tipuri de obiecte
4. Liste și cadre de date
- Liste
- Construirea și modificarea listelor
- Concatenarea listelor
- Cadre de date
- Crearea cadrelor de date
- Lucrul cu cadre de date
- Atasarea listelor arbitrare
- Gestionarea căii de căutare
5. Manipularea datelor
- Selectarea, subsetarea observațiilor și variabilelor
- Filtrarea, gruparea
- Recodificarea, transformări
- Agregare, combinarea seturilor de date
- Formarea matricilor partitionate, cbind() și rbind()
- Funcția de concatenare, (), cu tablouri
- Manipularea caracterelor, pachetul stringr
- Introducere scurtă în grep și regexpr
6. Mai multe despre citirea datelor
- Fișiere XLS, XLSX
- Pachetele readr și readxl
- Date în formate SPSS, SAS, Stata,… și altele
- Exportul datelor în formate txt, csv și altele
6. Gruparea, bucle și execuție condiționată
- Expresii grupate
- Instrucțiuni de control
- Execuție condiționată: instrucțiuni if
- Execuție repetitivă: bucle for, repeat și while
- Introducere în apply, lapply, sapply, tapply
7. Funcții
- Crearea funcțiilor
- Argumente opționale și valori implicite
- Număr variabil de argumente
- Domeniul de aplicare și consecințele sale
8. Grafică simplă în R
- Crearea unui grafic
- Grafice de densitate
- Grafice punctuale
- Grafice cu bare
- Grafice liniare
- Grafice circulare
- Boxploturi
- Grafice de dispersie
- Combinarea graficelor
II. Analiza statistică în R
1. Distribuții de probabilitate
- R ca un set de tabele statistice
- Examinarea distribuției unui set de date
2. Testarea ipotezelor
- Teste despre o medie a populației
- Testul raportului de verosimilitate
- Teste pe un eșantion și pe două eșantioane
- Testul Chi-Square de bunătate a potrivirii
- Statistica Kolmogorov-Smirnov pe un eșantion
- Testul Wilcoxon Signed-Rank
- Test pe două eșantioane
- Testul Wilcoxon Rank Sum
- Testul Mann-Whitney
- Testul Kolmogorov-Smirnov
3. Testarea multiplă a ipotezelor
- Eroare de tip I și FDR
- Curbe ROC și AUC
- Proceduri de testare multiplă (BH, Bonferroni etc.)
4. Modele de regresie liniară
- Funcții generice pentru extragerea informațiilor din modele
- Actualizarea modelelor ajustate
- Modele liniare generalizate
- Familii
- Funcția glm()
- Clasificare
- Regresie logistică
- Analiza discriminantă liniară
- Învățare nesupervizată
- Analiza componentelor principale
- Metode de clustering (k-means, clustering ierarhic, k-medoids)
5. Analiza supraviețuirii (pachetul survival)
- Obiecte de supraviețuire în R
- Estimarea Kaplan-Meier, testul log-rank, regresie parametrică
- Benzi de încredere
- Analiza datelor cenzurate (cenzurate pe interval)
- Modele Cox PH, covariate constante
- Modele Cox PH, covariate dependente de timp
- Simulare: Compararea modelelor (Compararea modelelor de regresie)
6. Analiza varianței
- ANOVA unidirecțională
- Clasificare bidirecțională a ANOVA
- MANOVA
III. Probleme rezolvate în bioinformatică
- Introducere scurtă în pachetul limma
- Flux de lucru pentru analiza datelor de microarray
- Descărcarea datelor din GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Prelucrarea datelor (QC, normalizare, expresie diferențială)
- Grafic Volcano
- Exemple de clustering + heatmaps
28 Ore
Mărturii (2)
cunoașterea instruirii, personalizată, toate temele abordate
eleni - EUAA
Curs - Forecasting with R
Tradus de catre o masina
Aplicațiile din viața reală folosind Statcan și CER ca exemple.
Matthew - Natural Resources Canada
Curs - Data Analytics With R
Tradus de catre o masina
