Mulțumim pentru trimiterea solicitării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Mulțumim pentru trimiterea rezervării! Un membru al echipei noastre vă va contacta în curând.
Schița de curs
I. Introducere și preliminarii
1. Prezentare generală
- Facilitarea utilizării lui R, R și interfețele grafice disponibile
- Rstudio
- Software și documentație conexe
- R și statistica
- Utilizarea interactivă a lui R
- O sesiune introductivă
- Obținerea de ajutor pentru funcții și caracteristici
- Comenzi R, sensibilitate la majuscule etc.
- Reamintire și corectare a comenzilor anterioare
- Executarea comenzilor din sau redirecționarea ieșirii către un fișier
- Permanența datelor și eliminarea obiectelor
- Practici bune de programare: Scripturi autonome, lizibilitate bună, de ex. scripturi structurate, documentație, markdown
- Instalarea pachetelor; CRAN și Bioconductor
2. Citirea datelor
- Fișiere txt (read.delim)
- Fișiere CSV
3. Manipulări simple; numere și vectori + tablouri
- Vectori și atribuire
- Aritmetica vectorilor
- Generarea de secvențe regulate
- Vectori logici
- Valori lipsă
- Vectori de caractere
- Vectori de index; selectarea și modificarea subgrupurilor de date
- Tablouri
- Indexarea tablourilor. Subsecțiuni ale unui tablou
- Matrice de index
- Funcția array() + operații simple pe tablouri, de ex. înmulțire, transpunere
- Alte tipuri de obiecte
4. Liste și cadre de date
- Liste
- Construirea și modificarea listelor
- Concatenarea listelor
- Cadre de date
- Crearea cadrelor de date
- Lucrul cu cadre de date
- Atasarea listelor arbitrare
- Gestionarea căii de căutare
5. Manipularea datelor
- Selectarea, subsetarea observațiilor și variabilelor
- Filtrarea, gruparea
- Recodificare, transformări
- Agregare, combinarea seturilor de date
- Formarea matricelor partitionate, cbind() și rbind()
- Funcția de concatenare, (), cu tablouri
- Manipularea caracterelor, pachetul stringr
- Introducere scurtă în grep și regexpr
6. Mai multe despre citirea datelor
- Fișiere XLS, XLSX
- Pachetele readr și readxl
- Date în formate SPSS, SAS, Stata,… și alte formate
- Exportul datelor în formate txt, csv și alte formate
6. Gruparea, bucle și execuție condiționată
- Expresii grupate
- Instrucțiuni de control
- Execuție condiționată: instrucțiuni if
- Execuție repetitivă: bucle for, repeat și while
- Introducere în apply, lapply, sapply, tapply
7. Funcții
- Crearea funcțiilor
- Argumente opționale și valori implicite
- Număr variabil de argumente
- Domeniul de aplicare și consecințele sale
8. Grafică simplă în R
- Crearea unui grafic
- Grafice de densitate
- Grafice cu puncte
- Grafice cu bare
- Grafice liniare
- Grafice circulare
- Boxploturi
- Grafice de dispersie
- Combinarea graficelor
II. Analiza statistică în R
1. Distribuții de probabilitate
- R ca un set de tabele statistice
- Examinarea distribuției unui set de date
2. Testarea ipotezelor
- Teste despre media unei populații
- Testul raportului de verosimilitate
- Teste pe un eșantion și pe două eșantioane
- Testul Chi-Square de bunătate a potrivirii
- Statistica Kolmogorov-Smirnov pentru un eșantion
- Testul Wilcoxon Signed-Rank
- Testul pe două eșantioane
- Testul Wilcoxon Rank Sum
- Testul Mann-Whitney
- Testul Kolmogorov-Smirnov
3. Testarea multiplă a ipotezelor
- Eroare de tip I și FDR
- Curbe ROC și AUC
- Proceduri de testare multiplă (BH, Bonferroni etc.)
4. Modele de regresie liniară
- Funcții generice pentru extragerea informațiilor din modele
- Actualizarea modelelor ajustate
- Modele liniare generalizate
- Familii
- Funcția glm()
- Clasificare
- Regresia logistică
- Analiza discriminantă liniară
- Învățare nesupervizată
- Analiza componentelor principale
- Metode de clustering (k-means, clustering ierarhic, k-medoids)
5. Analiza supraviețuirii (pachetul survival)
- Obiecte de supraviețuire în R
- Estimarea Kaplan-Meier, testul log-rank, regresia parametrică
- Benzi de încredere
- Analiza datelor cenzurate (cenzurate pe intervale)
- Modele Cox PH, covariante constante
- Modele Cox PH, covariante dependente de timp
- Simulare: Compararea modelelor (Compararea modelelor de regresie)
6. Analiza varianței
- ANOVA unidirecțională
- Clasificare bidirecțională a ANOVA
- MANOVA
III. Probleme rezolvate în bioinformatică
- Scurtă introducere în pachetul limma
- Flux de lucru pentru analiza datelor de microarray
- Descărcarea datelor de pe GEO: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1397
- Prelucrarea datelor (QC, normalizare, expresie diferențială)
- Graficul Vulcan
- Exemple de clustering + heatmaps
28 Ore
Mărturii (5)
a fost informativ și util
Brenton - Lotterywest
Curs - Building Web Applications in R with Shiny
Tradus de catre o masina
Multe exemple și exerciții legate de tema instruirii.
Tomasz - Ministerstwo Zdrowia
Curs - Advanced R Programming
Tradus de catre o masina
Ziua 1 și ziua 2 au fost foarte directe pentru mine și am atras cu adevărat plăcerea din această experiență.
Mareca Sithole - Africa Health Research Institute
Curs - R Fundamentals
Tradus de catre o masina
Ritmul a fost exact potrivit, iar atmosfera relaxantă a făcut ca candidații să se simtă la larg să pună întrebări.
Rhian Hughes - Public Health Wales NHS Trust
Curs - Introduction to Data Visualization with Tidyverse and R
Tradus de catre o masina
problema a fost prezentată bine și într-o manieră ordonată.
Marylin Houle - Ivanhoe Cambridge
Curs - Introduction to R with Time Series Analysis
Tradus de catre o masina